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設施農業近年看似發展很快，但只是體現在面積上，在大棚內部的設計上可以說我國還沒具體研究過，也就是生態問題。其實大棚就是一個微型的地球生態圈，我們要從生態去考慮去設計，才能讓這個微生態環境實現平衡及實現動態的穩定。而如今在大棚的設計與使用上僅僅考慮它的氣候因子，根本沒有從有利于內部生態平衡及生態動力學的角度來思考，所以大棚就成為避雨棚或保溫棚，沒有發揮它更多更大的作用。這樣的思考設計就把大棚建設成單調的骨架與遮風的薄膜結構，這種大棚的耗能量大，生態平衡性差，一旦有害外源生物的進入，很有可能就會導致生態惡化與惡性循環，因為這是線性的設計與線性的布局與思考所存在的不足之處，這樣的大棚如果從物理學角度來說很易走向熱寂，所以常常為了維護這種靜態的平衡，人們不得不采用能源的大量投入及勞工的很大浪費。
那么生態大棚有那些不同之處，與優點呢?
1、生態大棚是一種充分利用自然資源或者因勢利導發揮其很大作用與功能的大棚，除了利用棚內資源外，還可以把地下熱、地下水、甚至雨水、風能或太陽能等都得以發揮利用的大棚。
2、生態大棚是一種特別注重生態平衡，充分利用生物間的相生相克及生物能的互補利用，從而達到內在生態系統平衡的大棚，也就是充分考慮了生態動力學因素來進行內在布局與設計。
3、生態大棚是一種特別強調有機可持續循環利用的大棚，它以較少的能量投入作為前提，實現大棚自身運行的自組織混沌效果。
4、生態大棚是一種經濟效益、生態效益與社會效益都能得到結合的大棚設計與種養殖農業模式。
5、生態大棚是一種生態多元化，物種多元化，經營生產多元化的大棚。
當前，的大棚存在著的限制是因為沒有把大棚放到一個微生態系統角度去設計而造成的，僅僅把它作為生產所要考慮的角度去設計，忽略了生態因素及物種互作的復雜因素，所以它的生產效率低，能量投入大，在物理學上也叫做線性大棚，不管從外觀上，還是從內部布局上完全沒有仿生態的因素參予其中。沒有水體的調節，沒有微生物的分解還原或者共生、沒有多元化外來資源的導入，只靠僅有的物種與人為的調控與維持單一的生態系統，這是產生惡性循環的根源。比如利用地下熱與水資源可以讓大棚的相對大環境達到生態穩定，利用微生物，可以讓殘根爛葉及有害的代謝物進行再次分解循環，以減少生物能的浪費，利用棚內水體，在發展養殖的同時，又如地球的湖泊能創造適宜的濕度環境與溫度變化的緩沖穩定性，利用立體設計，實現高矮相間，使葉幕表面積加大，提高生物轉化效率，利用物種多元化，達到生物防治或以蟲治蟲以有益菌壓制有害菌的生態防治效果。生態大棚把人、植物、微生物、動物間達到和諧與統一，達到了生態動力的很好的狀態與適宜組合，生態大棚的建設是一個趨勢，它將會掀起新一代大棚改革的浪潮，將會大大豐富與補充現有線性大棚的不足與缺陷，讓大棚效益達到大化，同時又可以使生態破壞得以緩解，社會效益得以兼顧，是一種目前甚至相當長的一段時間內，理想化的大棚。